對于企業合并和分立，目前國家稅務局沒有專門的文件來明確個人所得稅的繳納問題。但在企業重組文件國家稅務總局公告2015年第48號第一條第二款中明確，“在企業重組交易中，股權收購中轉讓方、合并中被合并企業股東和分立中被分立企業股東，可以是自然人。當事各方中的自然人應按個人所得稅的相關規定進行稅務處理。”在企業吸收合并過程中，不論被合并方股東取得股權支付，還是非股權支付，都是支付的一種方式。在該過程中就需要視同先清算被合并公司，再進行分配。個人計算清算所得，然后再以清算所得和初始投資成本進行再投資的行為。按照財稅〔2009〕60號規定進行清算，股東分得的剩余資產扣除投資成本后的余額，按照“利息、股息、紅利所得”項目計算征收個人所得稅。

　　舉例：A公司和張三共同投資成立了B公司和C公司，股權比例分別為80%，20%的股權，按照出資比例分紅。C公司賬面凈資產3500萬，其中實收資本1000萬，資本公積500萬，盈余公積800萬，未分配利潤1200萬。C公司凈資產的公允價值4500萬。現由于戰略調整，B公司需要吸收合并C公司，且不支付任何現金對價。

　　本案例中，張三應納稅所得額=[(800+1200+500+1000)+(4500-3500)-1000]*20%=700萬元。應納個人所得稅=700*20%=140萬元。同時，張三增加對B公司的股權計算基礎為700萬元，加上初始投資200萬元(1000萬*20%)，共計900萬元，作為下一次股權轉讓成本扣除基數。這里尤其要注意的是：在吸收合并環節的留存收益已“視同”分配計算繳納了個人所得稅，按照“稅不重征”的原則，在合并方實際分配給個人相應金額的利息、股息、紅利時，不能再次征收個人所得稅。

　　在吸收合并過程中，因為是股權支付，對自然人來說取得的是非貨幣性資產，我們也可以看作是個人以非貨幣性資產向合并企業進行投資，根據《財政部 國家稅務總局關于個人非貨幣性資產投資有關個人所得稅政策的通知》(財稅〔2015〕41號)文的規定，對于一次性繳稅有困難的，可合理確定分期繳納計劃并報主管稅務機關備案后，自發生上述應稅行為之日起不超過5個公歷年度內(含)分期繳納個人所得稅。則對于張三來說，可向主管稅務機關報備，制定5年分期繳納計劃，享受5年遞延納稅優惠。